Pankratow se poprvé objevil na Evropských dnech zimních olympijských dnů mládeže 1999 na Štrbském Plese . Tam získal stříbrnou medaili na 10 km klasicky. Na mistrovství světa severských juniorů v roce 2001 v Karpaczi obsadil sedmé místo na 10 km klasicky a byl juniorským mistrem světa s ruskou štafetou na 4x10 kilometrů. O rok později na juniorských mistrovstvích světa v roce 2002 ve Schonachu v Schwarzwaldu skončil na 42 kilometrech přes 30 kilometrů. Svůj první závod Světového poháru zaběhl v lednu 2003 v Kavgolovo , kde skončil klasicky na 23. místě nad 10 km a získal tak své první body do Světového poháru. Ve stejném měsíci vyhrál zlato na 10 km klasicky a se štafetou na zimní univerziádě 2003 v Tarvisiu . Na začátku sezóny 2003/04 dosáhl svého prvního umístění v první desítce na mistrovství světa v Kuusamu šestým místem na 15 km klasicky a poprvé vystoupil na stupních vítězů v Davosu s druhým místem na 15 km klasicky. V dalším průběhu sezóny dosáhl pěti nejlepších výsledků ve Světovém poháru, včetně třetího místa se štafetami v La Clusaz a Otepää . V březnu 2004 vyhrál své první vítězství Světového poháru v Lahti společně s Vasilijem Rotschewem v týmovém sprintu. Sezónu zakončil na 20. místě v celkovém světovém poháru a 18. v dálkovém světovém poháru. V následující sezóně skončil pětkrát ve Světovém poháru, z toho třikrát v první desítce, a na konci sezóny skončil 35. v celkovém světovém poháru a 25. v dálkovém světovém poháru. Na vrchol sezóny, na mistrovství světa v klasickém lyžování 2005 v Oberstdorfu , získal se štafetou bronzovou medaili. Rovněž dosáhl 29. místa v závodě s hromadným startem na 50 km a desátého místa ve skiatlonu . Jeho nejlepším výsledkem na mistrovství světa v sezóně 2005/06 bylo deváté místo v skiatlonu v Oberstdorfu. Na zimních olympijských hrách 2006 v Turíně skončil na 18. místě v závodě s hromadným startem na 50 km. Poté, co na začátku sezóny 2006/07 skončil s štafetou v Gällivare na druhém místě, vyhrál s štafetou druhé vítězství Světového poháru v La Clusaz. Na Tour de Ski 2006/07 byl celkově desátý se třemi prvními deseti výsledky. Na následujícím mistrovství světa v Rybinsku obsadil ve sprintu druhé místo. Na mistrovství světa v severském lyžování 2007 v Sapporu dokázal spolu s Vasilijem Rotschewem , Alexandrem Legkowem a Evgenim Dementjewem získat stříbrnou medaili v štafetě. Také se umístil na 36. místě v 15 km volným způsobem a devátém místě v závodě s hromadným startem na 50 km. K nastartování Světového poháru byl ale ze Světové lyžařské federace FIS obsazen pětidenní ochrannou bariérou kvůli nadměrnému hemoglobinu . Na konci sezóny dosáhl na 21. místě ve Světovém poháru ve sprintu a 16. místě v celkovém světovém poháru. Na začátku následující sezóny byl v Beitostølen se sezónou třetí. Na Tour de Ski 2007/08 skončil na 18. místě. V Novém Městě se umístil na třetím místě přes 15 km klasicky. Na následujícím mistrovství světa v Canmore vyhrál své jediné vítězství na mistrovství světa ve skiatlonu. Sezónu zakončil na 24. místě v celkovém světovém poháru a na 14. místě ve světovém poháru na dálku. V sezóně 2008/09 skončil 31. na Tour de Ski 2008/09 a 41. místo na finále Světového poháru v běhu na lyžích ve Falunu . Jeho nejlepším výsledkem sezóny ve Světovém poháru bylo osmé místo na 15 km klasicky v Novém Městě . Poté, co na začátku sezóny 2009/10 skončil na druhém místě se štafetou v Beitostølenu, si zajistil své jediné klasické vítězství v poháru východní Evropy v Krasnogorsku na 30 km . Na zimních olympijských hrách 2010 ve Vancouveru skončil na 32. místě v skiatlonu a osmý v štafetě. Na konci sezóny přišel na 23. místě ve finále mistrovství světa v běhu na lyžích ve Falunu a skončil 45. v celkovém světovém poháru . Poté, co bylo v září 2010 poblíž Pankratow na rakousko-švýcarských hranicích objeveno 22 ampulí přípravku na lýtkovou krev Actovegin a další dopingové pomůcky, uložila mu ruská lyžařská asociace RSA v lednu 2011 dvouletý zákaz dopingu. Po skončení platnosti zákazu začal v březnu 2014 na vojenských mistrovstvích světa v Sodankylä . Tam dosáhl 21. místa.