Joannette Krugerová byla v první stovce poprvé v roce 1993. V následujícím roce se dostala do třetího kola French Open , kde ji porazila Steffi Grafová v tvrdém zápase tří. V březnu 1995 vyhrála svůj první turnaj ITF v Portoriku a vyšplhala se do top 50 světového žebříčku WTA . V Římě poprvé porazila Anke Huberovou , hráčku první desítky, v Lipsku také Lindsay Davenportovou . V roce 1997 zajistila svůj druhý individuální titul v Praze . Krátce nato dosáhla svého nejlepšího výsledku na grandslamovém turnaji, když v New Yorku postoupila do 16. kola .
V roce 1998 se Kruger přesunul do finále Oklahomy vítězstvím 6-1, 6-1 nad Serenou Williamsovou . Slaví svůj první úspěch nad hráčem top 5 v Indian Wells, když v 16. kole vyřadila Amandu Coetzerovou . V květnu 1998 dosáhla svého nejlepšího umístění na 21. místě. Rok 2000 byl nejlepší sezónou její kariéry. Dostala se do tří semifinále, mimo jiné na German Open v Berlíně, kde porazila světovou trojku Nathalie Tauziatovou 6: 2, 6: 0 a ve čtvrtfinále proti Jeleně Dementjewové ve třetím setu dokonce 0: 5 Vyrovnaný za nedoplatky. V roce 2001 se Kruger potřetí dostal do čtvrtfinále Italian Open a finále na Bali . Pak si Jihoafričan musel vzít rok pauzu kvůli namáhání břišních svalů. V roce 2003 se odvážila na návrat, ale na konci sezóny nakonec ukončila profesionální kariéru.